Klub został założony w 1943 (z połączenia czterech innych klubów) i przez lata występów w ekstraklasie francuskiej ośmiokrotnie świętował mistrzostwo kraju (1965, 1966, 1973, 1977, 1980, 1983, 1995, 2001). W latach 1979, 1999 i 2000 zdobywał Puchar Francji. Wielokrotnie zespół kwalifikował się do europejskich rozgrywek, także do prestiżowej Ligi Mistrzów; w edycji 1995/1996 piłkarze Nantes dotarli do półfinału Ligi Mistrzów (wyeliminowali m.in. Spartaka Moskwa, ulegli Juventusowi Turyn), w edycji 2001/2002 - w znacznie rozbudowanych rozgrywkach Ligi Mistrzów - odpadli na etapie drugiej fazy grupowej. Byli także w półfinale Pucharu Zdobywców Pucharów (1979/1980) oraz w ćwierćfinale Pucharu UEFA (1994/1995).

Piłkarze Nantes, ze względu na kolor strojów (zielono-żółte), noszą przydomek kanarków ( les canaris).

W maju 1984 otwarto nowy stadion, który służył za jedną z aren Mistrzostw Europy 1984 i Mistrzostw Świata 1998, a także miejsce spotkań eliminacyjnych i towarzyskich reprezentacji Francji oraz spotkań reprezentacji rugbystów. Stadionowi, mogącemu pomieścić 39 tysięcy widzów (po modernizacji - 50 tysięcy), nadano imię wieloletniego prezesa klubu, Louisa Fonteneau ( Stade La Beaujoire - Louis Fonteneau ).