Najpopularniejszy klub sportowy w Szczecinie został założony wiosną 1948 roku pod nazwą Klub Sportowy Sztorm. Pierwszymi sekcjami były sekcje piłki nożnej i boksu. Drużynę piłkarzy zgłoszono do rozgrywek C-klasy organizowanych przez Zachodniopomorski Okręgowy Związek Piłki Nożnej. Sztorm był patronowany przez szczecińskich transportowców. W marcu 1949 roku kluby związkowe w Szczecinie (KS Sztorm, KS Curkownik, KS Drukarz, Pocztowy KS) zostały połączone w jeden, który nazwano KS Związkowiec. W 1949 roku Związkowiec przystąpił do rozgrywek A-klasy, w miejsce Pocztowego KS. W listopadzie 1950 roku Związkowca, w związku z machinacjami finansowymi, rozwiązano, a jego miejsce w lidze zajął klub powstały przy porcie o nazwie KS Kolejarz Szczecin. W 1950 i 1951 zespół brał udział w ogólnopolskim Pucharze Polski i dochodził do 1/16 finału. W 1951 drużyna wygrała rozgrywki A-klasy, zaś w barażach o II ligę poległa, w związku z grą nieuprawnionego zawodnika. W 1953 roku, po reorganizacji rozgrywek utworzono Ligę Międzywojewódzką, obejmującą województwa szczecińskie, zielonogórskie i poznańskie. Z tego pierwszego desygnowano do gry kluby: Kolejarz Szczecin, Gwardia Szczecin i Kolejarz Goleniów. Jesienią 1955 roku Kolejarz zmienił nazwę na KS Pogoń. Nazwa, herb i barwy miały być kontynuacją jednego z największych klubów przedwojennej Polski, Pogoni Lwów. W 1956 pod wodzą Floriana Krygiera zespół został wicemistrzem Ligi Międzywojewódzkiej i w turnieju barażowym o II ligę (Flota Gdynia, Warta Gorzów Wielkopolski, Kujawiak Włocławek) zajął I miejsce awansując na zaplecze ekstraklasy pierwszy raz w historii. W 1958 roku w grupie północnej Pogoń zajęła I miejsce z 37 punktami i stosunkiem bramek 54:22, awansując do I ligi pierwszy raz w historii. Podczas tych zmagań zespół ustanowił rekord – nie przegrał żadnego ze spotkań w walce o awans do ekstraklasy. Rekord ten pozostaje nie pobity do dziś.

Historyczny debiut w pierwszej lidze drużyna Portowców przegrała u siebie z Gwardią Warszawa 0:1. Pierwsze sezony w ekstraklasie nie były udane. W roku 1959 Pogoń zajęła miejsce 10. (na 12 zespołów biorących udział), zaś w kolejnym – ostatnie i spadła do II ligi. Nastąpiła wtedy totalna wyprzedaż zawodników klubowych. Od 1961 postawiono na pracę z młodzieżą. Sukcesy młodzieżowe, a później seniorskie wiążą się z osobami szczególnie zasłużonymi dla klubu: Zbigniewem Ryziewiczem i Florianem Krygierem. W 1962 roku Pogoń powróciła do I ligi, gdzie grała przez 3 sezony, później jeden sezon spędziła na zapleczu pierwszego frontu, aby znowu awansować, tym razem na 13 sezonów. To najdłuższy okres ciągłej gry Pogoni w I lidze.

Lata 80., to początkowo pasmo sukcesów. Pogoń zajęła po raz pierwszy miejsce na podium w pierwszej lidze w roku 1984, kiedy to była trzecia. Portowa jedenastka dwa razy walczyła również o Puchar Polski, jednak obydwie potyczki przegrała, odbierając tylko srebrne medale w roku 1981 (porażka z Legią Warszawa 0:1 po dogrywce) i 1982 (porażka z Lechem Poznań 0:1). W sezonie 1984/1985 Pogoń grała w Pucharze UEFA, jednak poległa już w pierwszej rundzie z 1. FC Köln. W 1987 roku miał miejsce największy sukces w historii klubu – Portowcy zostali wicemistrzami Polski, wyprzedzeni zostali jedynie przez Górnika Zabrze. W I rundzie Pucharu UEFA Portowcy nie sprostali drużynie z Serie A Hellasowi Verona. Dwa lata później przyszła degradacja na 3 sezony.

Lata 90. były ciągłą walką o ligowy byt, który zakończył się w roku 1996. Do pierwszej ligi drużyna powróciła rok później.

Na przełomie stuleci rozpoczął się najbardziej dramatyczny okres w historii klubu. Po wycofaniu się Zarządu Portów Szczecin-Świnoujście z zarządzania klubem, ropoczęto nerwowe poszukiwania sponsorów, którzy pokryliby długi Portowców. Miasto zaoferowało tereny tureckiemu przedsiębiorcy Sabriemu Bekdaşowi, który zaczął finansować Pogoń. Jego polityka zatrudniania wielkich gwiazd (Dariusz Gęsior, Brasília, Jerzy Podbrożny czy Oleg Salenko – król strzelców Mundialu w 1994) została zweryfikowana. Najpierw jednak Pogoń zdobyła ostatnie, jak na razie, wicemistrzostwo Polski (2001), ustępując wschodzącej gwieździe Wisły Kraków. Był to jednak początek wielkich problemów. Sprawa terenów pogłębiała konflikt między Bekdaşem a miastem. Turek zostawił klub z ogromnymi długami, a drużyna poległa w I rundzie pucharu UEFA z amatorami z Islandii – Íþróttafélagið Fylkir Rejkiawik.

Kolejnym inwestorem został Szwed polskiego pochodzenia – Les Gondor (vel Leszek Gondorowicz), który obiecał poprawić sytuację klubu. Jego przeszłość i umiejętności nie pozowoliły jednak na to. Klub został doprowadzony do totalnej ruiny, czego skutkiem był haniebny spadek z ekstraklasy w 2003 roku (najwyższa porażka z Górnikiem Zabrze 9:0, 9 kwietnia 2003). Klub nie dostał drugoligowej licencji i musiałby zaczynać od B-klasy, gdyby nie kibice, którzy założyli klub Pogoń Nowa Szczecin, zgłoszony do rozgrywek czwartoligowych. Założycielem było stowarzyszenie Pogoń Walcząca założone w 2002 roku, w związku z szybkim upadkiem klubu.

Niespodziewana pomoc przyszła jednak szybko. Antoni Ptak, właściciel II-ligowej Piotrcovii Piotrków zdecydował się przenieść drużynę do Szczecina i zmienić nazwę na MKS Pogoń (8 lipca 2003). Jego pomysł wygwizdali fani w Piotrkowie, zaś kibice szczecińscy początkowo odnosili się z niepewnością do nowej drużyny. Klub jednak na fali awansował do ekstraklasy w sezonie 2003/2004, aby gościć tam do dzisiaj. Trzon drużyny piotrkowskiej został uzupełniony o nabytki szczecińskie, zaś kibice w Szczecinie coraz mocniej identyfikowali się z nowym klubem. W sezonie 2004/2005 Pogoń zajęła w ekstraklasie 9. miejsce (na 14 zespołów).

2 października 2005, przed meczem ligowym z GKS-em Bełchatów, ze stadionu zniknęły banery reklamowe Centrum Handlowego "Ptak". Klubowi groził kolejny kryzys w związku z planowanym wycofaniem się Antoniego Ptaka ze Szczecina, spowodowanego brakiem zgody władz miasta na przekazanie łódzkiemu przedsiębiorcy gruntów wokół stadionu. Klub musiałby więc szukać nowych źródeł finansowania, a przede wszystkim zapobiec wyprzedaży najlepszych zawodników. Pogłoski te okazały się jednak nieprawdziwe i Antoni Ptak nie wycofał się z finansowania Pogoni.

Zima 2005/2006 okazała się dla klubu okresem przełomowym – w związku z niezadowalającymi wynikami drużyny w rundzie jesiennej Orange Ekstraklasy – Antoni Ptak zdecydował się na sprzedaż większości zawodników i zastąpienie ich graczami brazylijskimi. Do końca lutego 2006 w klubie zostało zatrudnionych kilkunastu piłkarzy z tego kraju oraz dwaj brazylijscy trenerzy Jose Carlos Serrao i Edson Roberto da Silva, zaś dotychczasowy trener Bohumil Páník w okresie przygotowawczym pełnił obowiązki trenera-koordynatora pierwszego zespołu. W związku z nieuzyskaniem przez Jose Carlosa Serrao licencji trenerskiej UEFA Pro koniecznej do prowadzenia drużyny I-ligowej w Polsce, od początku rundy wiosennej sezonu 2005/2006 stanowisko pierwszego szkoleniowca objął ponownie Bohumil Páník.

Szczecińska Pogoń stała się jedynym niebrazylijskim klubem na świecie zbudowanym niemal w 100% z zawodników tego kraju sprowadzanych do Polski przez syna właściciela – Dawida Ptaka. Ewenementem w świecie europejskiego futbolu było również "skoszarowanie" drużyny pod Łodzią w oddalonym od Szczecina o ok. 470 km Gutowie Małym w piłkarskim ośrodku szkoleniowym należącym do Antoniego Ptaka, skąd piłkarze musieli dojeżdżać do Szczecina na mecze rozgrywane "u siebie". Paradoksalnie były to ich najodleglejsze wyjazdy na mecze ligowe. Kolejnym znamiennym momentem w historii szczecińskiego i polskiego futbolu był mecz Pogoni przeciwko GKS Bełchatów (2:0), w którym na boisko w Bełchatowie po raz pierwszy w historii piłki nożnej w Polsce wybiegła drużyna, w której składzie nie było ani jednego Polaka – 11 kwietnia 2006 szczecińską jedenastkę stanowili słowacki bramkarz i dziesięciu Brazylijczyków.

Po przegranym 15 kwietnia 2006 w fatalnym stylu meczu z Groclinem Grodzisk 1:3, w którym Pogoń straciła trzy bramki w ciągu pierwszych 11 minut gry, Antoni Ptak dokonał kolejnej roszady w klubie w tej rundzie – 18 kwietnia 2006 Mariusz Kuras zastąpił Bohumila Páníka na stanowisku pierwszego szkoleniowca. Od 20 kwietnia klub rozpoczął rozwiązywanie kontraktów z kolejnymi brazylijskimi futbolistami, którzy nie sprawdzili się na boiskach polskiej ekstraklasy (Cleison, Batata II, Fabio, Fabinho, Junior, Wagner). Mecze rundy wiosennej sezonu 2005/2006 Pogoń rozgrywała ze zmiennym szczęściem i po zakończeniu rozgrywek zajęła 11. miejsce w tabeli (10. po przesunięciu WKP Lech Poznań na ostatnią pozycję w tabeli).