Wisła Płock w ekstraklasie występuje nieprzerwanie od 2002 roku. Wcześniej grała w pierwszej lidze w rozgrywkach 1994-95 i 1996-97, ale spadała z niej już po jednym sezonie.

W czerwcu 2003 roku Wisła dotarła do finału Pucharu Polski, w którym przegrała z imienniczką z Krakowa. Jednak w tamtym sezonie podopieczni Henryka Kasperczaka sięgnęli także po mistrzostwo kraju i dzięki temu płocczanie mogli zadebiutować w europejskich pucharach. W drugiej rundzie eliminacji Pucharu UEFA zmierzyli się z łotewskim FK Ventspils. W dwumeczu padły dwa remisy (1:1 na wyjeździe, 2:2), a do dalszych rozgrywek awansowali Łotysze, którzy strzelili więcej bramek na boisku przeciwnika. Już w pierwszej fazie kwalifikacji Wisła przegrała także w drugim występie w klubowych rozgrywkach Starego Kontynentu. Tym razem ich pogromcą było szwajcarskie Grasshoppers Zurych (0:1 na wyjeździe, 3:2). Po raz trzeci w Pucharze UEFA Wisła Płock zagrała po zdobyciu Pucharu Polski (największy sukces w histroi klubu). W II rundzie eliminacyjnej płoccy piłkarze zagrali z ukraińskim Czornomorecem Odessa. W pierwszym meczu rozegranym w Odesie padł bezbramkowy remis. W rewanżu padł wynik 1:1 i poraz kolejny Wisła Płock odpadła z rozgrywek Pucharu UEFA.